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就大律师公会及部份人士质疑，全国人大常委会批准高铁西九龙站实施「一地两检」的决定，不符法律基础及属于人治，特区政府周五(29日)晚发声明反驳，强调全国人大是最高国家权力机关，而全国人大常委会是全国人大的常设机关，今次人大常委会作出安排的过程，完全符合国家宪制程序。

大律师公会指人大常委会的决定没有为「一地两检」的合作安排提出任何基础及理据，等同「但凡人大常委会说是符合的便是符合」。政府回应称，在每个制度下，必会有一个最高、最终权力机关，在「一国两制」下，香港依据《基本法》享有高度自治，但亦必须尊重国家宪法和人大常委会的地位和权力；有关决定是人大常委会依据国家宪法及相关程序作出，具有法律效力，因为「一地两检」的合作安排是国务院提请审议，人大常委会经分组讨论，之后投票通过。

声明称：「换言之，是次《决定》是完全依据国家《宪法》及相关程序而作出的决定，具有法律效力，并非有意见指《决定》只为行政决定，亦不是『某人说了算』的情况，更遑论是『人治』或落实《基本法》的倒退。再者，在第三步的本地立法程序中，立法会议员及社会各界均有机会讨论相关议题，并最终由立法会议员决定是否通过本地法，从而落实『一地两检』。」

对于公会质疑港澳办主任张晓明援引《基本法》第7、118和119等多条条文，没有一条提供到法理基础，政府表示，张晓明和基本法委员会主任李飞已经就法理基础作出解说，法律专家对同一问题，往往有不同看法，是可以理解的，但不代表人大常委会的决定没法律基础。

另外，有意见质疑，「一地两检」涉及让内地人员在西九龙站内地口岸区，依内地法律为高铁乘客办理出入境手续，是违反《基本法》第18条；政府指出，人大常委员会的说明及基本法委员会主任李飞已解释不牴触条文的两个主要原因，包括落实「一地两检」时，全国性法律的实施范围只限于西九龙站内地口岸区，而内地口岸区被视为「处于内地」，因此在法理上《基本法》第18条不再适用。

政府最后提到，「一地两检」是因应交通运输发展而必须处理的事，「一地两检」较「两地两检」最重要的分别是更便捷有效，希望社会能客观、务实和全面地理解「一地两检」安排。